São muitas as causas que explicam a elevada mortalidade das empresas familiares, muitas delas comuns às empresas não familiares, tais como as crises económicas e as mudanças no meio envolvente e no perfil dos clientes. Porém, há riscos específicos para a gestão das empresas familiares. Eis os mais comuns:

Confusão entre a propriedade da empresa e a capacidade para a gerir: Muitas vezes, a família não dispõe de alguém com experiência para liderar pessoas e projectos. Só sabe que é dona da empresa, mas não tem um membro da família com competências suficientes para levar o negócio por diante. O recrutamento de quadros de topo (e, por vezes, até para os cargos intermédios ou operacionais) é, em regra, feito com base em contactos pessoais ou mesmo relações de parentesco. Isolamento face à envolvente negocial: Fechada em si, uma empresa familiar tende a deixar «tudo em família», ignorando quaisquer mudanças no meio envolvente, nos produtos e nos clientes. Não está atenta ao que se passa no exterior, não actualiza os produtos e serviços, nem satisfaz os clientes da melhor forma. Em regra, a delegação de decisões para os níveis mais baixos da hierarquia é quase inexistente.

Não seguir as regras do mercado quanto à gestão: Uma empresa familiar tem que ser ainda mais flexível na capacidade de adaptação às novas exigências do mercado. Isso nem sempre acontece porque o dono da empresa tende a centralizar as decisões e a ser pouco propenso a mudanças radicais, em particular, as relativas ao rompimento com a cultura e os hábitos de trabalho enraizados.

Confusão entre os laços de afecto e os laços contratuais: Os membros da família têm que mostrar coragem, clareza de visão suficientes para não confundirem os laços familiares (ou mesmo de afecto) com os profissionais. Muitos gestores de empresas familiares não resistem à tentação de seguir um estilo de gestão excessivamente paternalista em relação aos seus empregados.

Problemas com a sucessão: A saída é uma das decisões mais difíceis para o director de uma empresa familiar, por isso, é normalmente adiada, por vezes até ser tarde demais. A falta de «sangue novo» pode comprometer fatalmente a capacidade de inovação da empresa. Por outro lado, mesmo que o processo de sucessão tenha sido bem conduzido, a história demonstra que muitas empresas familiares de sucesso acabam por não resistir à saída do seu fundador, nomeadamente quando este era particularmente carismático.

Falta de clareza nos processos: Como o controlo e fiscalização da actividade da gestão de topo é menos rigoroso, as empresas familiares são mais propensas a eventuais irregularidades, caso do desvio (voluntário ou não) de capital da empresa para fins pessoais. O envolvimento de pessoas que não são da família na gestão de uma empresa familiar é a melhor segurança contra as eventuais alegações de desonestidades nos negócios.

Problemas a nível familiar: Os gestores de topo das empresas familiares sentem uma grande dificuldade em separar a vida profissional da pessoal. Trabalham, em regra, mais horas e vivem mais intensamente os problemas da empresa, sacrificando muitas vezes a sua vida familiar. Por outro lado, quando existem conflitos no seio dos negócios estes muitas vezes acabam por se alargar ao campo das relações pessoais.